Existen teorías que aseguran que, además del entorno social y las primeras experiencias de vida, la homosexualidad masculina puede deberse a ciertos factores genéticos.

Se trata de componentes relacionados con el cromosoma X. La genetista italiana, Andrea Camperio-Ciani, mediante un estudio, encontró que algunos genes influyen sobre la homosexualidad masculina, mientras que a las mujeres proporciona mayor fertilidad y es heredado de la madre, no del padre.

En otra investigación, el científico angloamericano, LeVay, estudió cuatro grupos de neuronas de la zona anterior del hipotálamo, y descubrió que en los homosexuales, de los cuatro núcleos, el número 3 era menor que en los heterosexuales (de por sí ya se conocía que era menor en mujeres que en hombres). Aún no hay nada confirmado y los estudios continúan, pues una de sus mayores limitantes es la complejidad de la conducta sexual humana.