El blanqueamiento es el resultado del estrés que experimentan los arrecifes coralinos debido a factores como temperatura elevada del agua, pero no necesariamente implica mortandad.

Por lo general, afecta algunas fases en los ciclos de los organismos como la reproducción y el crecimiento. Sin embargo, cuando éste se prolonga, los corales empiezan a morir. Durante este proceso, los arrecifes liberan grandes cantidades de mucosidades, lo que hace que el agua se torne turbia y es de esperarse la proliferación de bacterias y hongos. También baja el nivel del oxígeno y las condiciones anóxicas pueden afectar los peces. La Autoridad de los Recursos Acuáticos de Panamá ha estado monitoreando la columna de agua a diferentes profundidades con el personal del Smithsonian para medir el perfil de oxígeno y la temperatura.