Esta es la más antigua del litoral pacífico americano, por lo que la madera está dañada por el comején, ya que desde que se restauró en 1998 no se le dio ningún tipo de mantenimiento y no se cuenta con ninguna partida para hacerlo.

Rosmery de Ayala, presidenta de la Fundación Natá de los Caballeros Siglo XXI, señaló que para restaurar la basílica recurrieron a diferentes instituciones en busca de ayuda.

El Instituto Nacional de Cultura (INAC) asignó 55,000 dólares para hacer las reparaciones que necesita la iglesia.

Entre los cambios que se realizarán está la iluminación del templo y pintura en las paredes.

También hay una puerta lateral completamente deteriorada y pilares de las ventanas que van a ser cambiados.

Se espera que para el 20 de mayo, la iglesia esté completamente iluminada, así como la capilla San Juan de Dios.