Existen diversas tesis sobre el origen del nombre. Algunas hablan de un fraile que fue asaltado por malandrines en las cercanías del lugar, donde hoy se ubica la población. El fraile se identificó luego como San Carlos. Hasta el año de 1848, el nombre completo que se le daba a este distrito era San Carlos del Chirú, éste último término atribuido a que en 1538 un pueblo indígena respondía al nombre de Pueblo Nuevo de los Reyes del Chirú.

Tiene además un lugar en la historia patria, ya que fue donde Victoriano Lorenzo se acantonó, desobedeciendo lo acordado en el buque de guerra Wisconsin.