Los inicios de el "Loco" en el mundo del fútbol se dan en el club Plaza Rivera, un equipo de niños en la ciudad de Minas, posteriormente pasa al humilde onceno de Filarmónica, dirigido por Iribarne Márquez y su tío, Rubén Abreu.

Debutó en 1994 en Defensor Sporting, y brilló con cierto éxito en diferentes clubes del mundo, como el Club Nacional de Football, Deportivo La Coruña, San Lorenzo de Almagro, Gremio de Porto Alegre, UAG Tecos, Cruz Azul, Club América, Dorados de Sinaloa, Monterrey, Club San Luis y Tigres de la UANL, en los cuales obtuvo varios campeonatos y fue goleador en varios torneos.

En su debut con el club de San Lorenzo, Sebastián marca el tanto para su equipo y así es como comienza el idilio de los simpatizantes azulgranas con el "Loco", apenas llegado a la Argentina.

Con la selección de Uruguay, Abreu disputó varios partidos, entre ellos, los correspondientes a la Copa Mundial de Fútbol de 2002.

En enero de 2008 acordó su llegada a préstamo por 18 meses con el Club Atlético River Plate de Argentina; su primer gol en River fue contra su ex equipo, San Lorenzo de Almagro, por el Torneo Pentagonal de Verano 2008. Actualmente, juega en el Club Botafogo de la Liga Brasileña de Fútbol.

Sebastián va a ser ficha clave de la Selección de Uruguay, que se prepara para el Mundial Sudáfrica 2010.

ANECDOTA
Es el primer jugador extranjero en anotar a ambos equipos que forman el Clásico Regiomontano entre Monterrey y Tigres.