Frente a esta iniciativa, uno de los cuestionamientos que surgió entre la ciudadanía era que la Iglesia Católica no se había pronunciado. Algunos tildaron esta posición como "presunta indiferencia" e incluso, de "un silencioso apoyo".

Ante esta situación, la Conferencia Episcopal de Panamá emitió un comunicado en el que manifiesta que unos días antes de la presentación del proyecto, el arzobispo de Panamá, José Dimas Cedeño, envió al presidente de la Asamblea Nacional, Raúl Rodríguez, una carta en la que ofrecían su posición al respecto. En tanto, Cedeño enfatizó que "muchos de los aportes no fueron incluidos en el proyecto, y otros, aunque incluidos, quedaron desdibujados".

Otra de las acciones que han protagonizado organizaciones eclesiales católicas y evangélicas son las marchas contra el anteproyecto. Ellos se oponen al Artículo 2: en el que interpretan que no son los maestros los que deben enseñar sobre sexualidad a los niños, sino que es deber de los padres; en el Artículo 3 recalcan que los niños no tienen libertad para elegir su sexualidad; del Artículo 16 piensan que abre la posibilidad de abortar.

Estiman que con los Artículos 18, 19 y 20 se promueve la distribución de anticonceptivos y que el Artículo 22 legaliza la esterilización a cualquier edad.