Este tradicional club nació en la barriada ERSA, en donde los ex dirigentes de aquella época, Napoleón Torres padre y Germán Berguido (q.e.p.d.), organizaban ligas infantiles con niños de los distintos sectores del corregimiento de Pedregal, más que todo en San Joaquín, en donde se encuentra un gran semillero por cosechar.

Napoleón Torres padre tuvo el honor de ser el primer presidente de este club aficionado, d el que han salido jugadores como Oriel Radamés Ávila, Erick "Yoyo" Bernal, Alexis Cundumi, Erick "Tavo" Martínez y Ricardo "Patón" Phillips y Gilmar Torres, quienes han vestido la casaca de la selección nacional de Panamá.

En la actualidad, Napoleón "Chap" Torres hijo es el presidente, acompañado por el licenciado Roberto Will Guerrero, quien también pasó por la presidencia del club en cinco periodos.

LOGROS
Este popular club ha cosechado en su larga trayectoria, cuatro títulos juveniles y tres de Segunda Categoría. Hay que resaltar que el primer título juvenil lo obtuvieron en el año de 1988, venciendo en la gran final en la cancha del Colegio Artes y Oficios, al Alianza F.C., con gol de oro de Reynaldo "La Sombra" García.

Los demás títulos el club lo obtuvo en 1989 en la segunda categoría, ganándose el derecho de ascender a la Primera Categoría. Luego en 1990, 1991 y 1993, el equipo juvenil se corona campeón en esta categoría, obteniendo entre otras cosas la Copa Rotativa León "Cocoliso" Tejada in Memorian.

En la Primera Categoría, no han logrado título desde que ascendieron en 1989, pero sí han obtenido varios subcampeonatos, el último fue en la temporada 2005, que le sirvió para participar en el Campeonato Provincial y clasificar a la "Copa Rommel Férnandez", actualmente en competencia.

ACTIVIDAD
En los últimos años, el Atlético San Joaquín ha celebrado su aniversario con actividades deportivas.