Una amigdalitis, si no se trata a tiempo y más si es de origen bacteriano, puede dar serias complicaciones. La más frecuente es la enfermedad reumática, que es un problema autoinmune que si no se atiende dentro de los primeros días, puede provocar en las personas susceptibles una liberación tardía de anticuerpos que atacan a las válvulas del corazón, especialmente daña la válvula mitral, lo que lleva a un deterioro progresivo de la función cardiaca. Otra de las complicaciones, que es posible que se produzca, es una reacción en el riñón, denominada glomerulonefritis postestreptocócica, que puede llevar a la insuficiencia renal secundaria. También puede ocasionar otitis media.
